Cortona si trova al confine tra Toscana ed Umbria in provincia di Arezzo su una collina di circa 600 metri sul livello del mare in posizione dominante rispetto al lago Trasimeno ed alla Val di Chiana.
Tra il VIII e il VII secolo a.C., Cortona divenne un'importante lucumonia etrusca. Molto probabilmente, Cortona divenne una città molto potente grazie alla sua posizione strategica, che permetteva un ampio controllo dei territori che facevano parte della lucumonia. Furono costruite proprio dagli Etruschi nel IV secolo a.C. le imponenti mura che circondano la città per circa tre chilometri, le tombe nobiliari "a melone" sparse nei dintorni della città e il monumentale altare funerario adornato da sfingi, esempio unico in Italia. A Cortona è stata ritrovata anche la Tabula Cortonensis, una lamina bronzea con una delle più lunghe iscrizioni in lingua etrusca.
Nel 310 a.C. molte città etrusche furono sottomesse a Roma, compresa Cortona.
Nel 450 d.C. i Goti occuparono Cortona, facendole perdere sempre più la sua fama.
Dal XIII secolo in poi la città è un libero comune, governato da un podestà, alleata con Perugia per difendersi dagli Aretini durante le lotte tra guelfi e ghibellini.
Nel 1232, alleati con i Fiorentini, i Cortonesi occupano la città rivale. Nel 1258 Cortona viene però occupata e saccheggiata a sua volta dall'esercito aretino, aiutato dagli stessi guelfi cortonesi. Tre anni dopo i ghibellini di Cortona riprendono la città, grazie all'alleanza stretta con Siena.
Nel XIV secolo, il pontefice Giovanni XXII decide di conferire lo status di diocesi a Cortona, compresa l'impossibilità di convivenza della città con il vescovado aretino.
Fino agli inizi del Quattrocento la città è affidata ai Casali, cui si deve l'omonimo palazzo.
Nel secolo XV Cortona entra a far parte della Repubblica Fiorentina e ne diviene una cittadina importante dal punto di vista militare in quanto punto cruciale della sua difesa, ma nel 1509, dopo un secolo di tranquillità, finisce nel mezzo della guerra tra l'esercito spagnolo e Firenze, subendo l'assalto del principe Filiberto d'Orange, onde Cosimo I de' Medici decide la costruzione della fortezza del Girifalco nel 1549 e Cortona diviene anche sede di un capitanato.
Nel secolo XVI a Cortona il Rinascimento Fiorentino fiorisce nelle opere d'arte degli artisti Luca Signorelli e Pietro Berrettini e nei monumenti dell'architetto senese Francesco di Giorgio Martini.
Nel 1737, con la morte di Gian Gastone de' Medici, in sostituzione dell'estinta dinastia medicea, subentrano gli Asburgo-Lorena come Granduchi di Toscana, che opereranno imponenti bonifiche alla campagna cortonese col miglioramento delle infrastrutture civili. Nel 1727, nasce, per opera dei fratelli Venuti (Marcello, Filippo e Ridolfino), l'Accademia Etrusca, quale centro di ricerca ante litteram della civiltà etrusca, che per la sua innovatività richiama l'attenzione degli intellettuali di mezza Europa.

Luogo di particolare devozione è la Basilica di Santa Margherita.
Margherita da Cortona (Laviano, 1247 – Cortona, 22 febbraio 1297) è stata una religiosa italiana, appartenente al Terz'Ordine francescano secolare che, nel 1728, proclamata santa da papa Benedetto XIII.
Di umili origini, venne battezzata presso l'antica pieve di Pozzuolo Umbro nel comune di Casiglione del Lago, dove attualmente sorge la chiesa dei Santi Pietro e Paolo: rimase presto orfana di madre e dall'età di diciassette anni visse come concubina con un nobile di Montepulciano, Arsenio (identificato con Raniero del Pecora, dei signori di Valiano), dal quale ebbe anche un figlio.
La coppia passava molto tempo in una residenza di caccia nelle colline al confine tra Umbria e Toscana, appartenente al feudo valianese dei Del Pecora. Ancora oggi, in questo castello, si trova una cappella ricavata dall'antica entrata del castello dedicata alla santa, che visse in quelle stanze nel XIII secolo.
Nel 1273 Arsenio, durante una battuta di caccia in una delle sue proprietà di Petrignano del Lago, venne aggredito e assassinato da un gruppo di briganti: Margherita, secondo la leggenda, seguì a piedi il cane di Arsenio dalla sua residenza presso Valiano fino in località Giorgi, presso un piccolo boschetto, dove trovò il corpo dell'amante; vicino alla quercia secolare dove si colloca l'accaduto, è sorta una chiesetta in onore della Santa e della cosiddetta "Quercia del Pentimento".
Scacciata col figlio dai famigliari dell'amante, rifiutata dal padre e dalla sua nuova moglie, si pentì della sua vita e si convertì. Si avvicinò ai francescani di Cortona, in particolare ai frati Giovanni da Castiglione e Giunta Bevegnati, suoi direttori spirituali e poi biografi: affidò la cura del figlio ai frati minori di Arezzo, e nel 1277 divenne terziaria francescana, dedicandosi esclusivamente alla preghiera ed alle opere di carità.
La sua spiritualità pone attenzione particolare alla Passione di Cristo, in linea con quanto vissero Francesco d'Assisi, Angela da Foligno e più tardi Camilla da Varano. Margherita, infatti, visse numerose crisi mistiche e visioni. Diede vita ad una congregazione di terziarie, dette le Poverelle; fondò nel 1278 un ospedale presso la chiesa di San Basilio e formò la Confraternita di Santa Maria della Misericordia, per le dame che intendevano assistere i poveri ed i malati.
Onorata come beata sin dalla morte, Innocenzo X ne approvò il culto il 17 marzo 1653, ma fu canonizzata soltanto il 16 maggio 1728 da Benedetto XIII con l'appellativo di Nova Magdalena.
Il Martirologio Romano fissa per la sua memoria liturgica la data del 22 febbraio.
Il suo corpo è conservato a Cortona, nella basilica a lei dedicata, in un'urna collocata sopra l'altare maggiore, bordata da una cornice in pasta vitrea e lamina d'argento sbalzato e cesellato.
Presso la frazione Giorgi di Petrignano, nel luogo della tragedia e decisione di conversione (il cosiddetto Pentimento) sono visitabili la pieve e la quercia ai cui piedi ella pregò.
La chiesa di Santa Maria delle Grazie al Calcinaio è un edificio di culto cattolico sito in località Calcinaio a Cortona, in provincia di Arezzo.
Secondo la tradizione, nella domenica di Pasqua del 1484, un'immagine della Madonna col Bambino, dipinta sulla parete di una vasca adibita alla concia del cuoio e detta calcinaio per la calce viva usata a questo scopo, iniziò ad operare miracoli. Quell'immagine venerata come sacra è oggi visibile nell'altare maggiore, posizionato molto probabilmente sul luogo dell'antico tabernacolo.
In seguito alla crescita di devozione dei fedeli che si concretizzava anche in continue elemosine, l'arte dei Calzolari, proprietaria della concia, decise di erigere un “sacro tempio”, in un luogo che poneva difficoltà non comuni per la costruzione, dovute sia alla posizione scoscesa del terreno che alla presenza di un ruscello.
Il Martini, architetto fra i più grandi del Rinascimento, accettò l'incarico e redasse il progetto già nello stesso 1484, poco dopo aver disegnato la chiesa di San Bernardino ad Urbino. I lavori ebbero inizio nel 1485 e già allo scadere del primo quarto del Cinquecento la chiesa aveva raggiunto, almeno all'esterno, la sua veste definitiva. Così ci appare infatti in un affresco del Papacello nel Palazzone Passerini di Cortona databile al 1525 circa, dove si vede innalzata anche la cupola disegnata dall'architetto fiorentino Pietro di Domenico di Norbo e realizzata a partire dal tamburo fra il 1509 e il 1514.
Gli ultimi interventi procedettero più lentamente, tanto che il portale principale fu terminato nel 1543 e al 1549 risale l'esecuzione del pavimento (l'attuale è frutto di un recente rifacimento).
La struttura della chiesa consiste in una navata affiancata da due cappelle laterali con un transetto e una cupola all'intersezione dei bracci uguali del presbiterio. Martini la progettò applicando rigorosamente i principi architettonici della proporzione e della prospettiva cari all'architettura rinascimentale. Negli spazi risuonano echi albertiani, in un progetto che non è immune da assonanze con Brunelleschi, ma i disegni di Francesco di Giorgio sono assolutamente originali, al punto da rappresentare uno dei livelli più alti della sintesi degli spazi nel Rinascimento.
Gli esterni, seppur gravemente danneggiati per l'erosione della pietra, danno al visitatore l'impressione di un blocco imponente che preannuncia con le sue sobrie decorazioni la razionalità geometrica così evidente negli interni. Le ampie superfici sono divise in linee orizzontali e verticali da modanature e pilastri e sono movimentate da finestre con timpani.
Tutti i dipinti che si trovano nelle cappelle sono ispirate dall'iconografia mariana, dall'Assunzione all'Annunciazione, dall'Immacolata concezione ai vari ritratti della Madonna fra i santi. Sul terzo altare a sinistra - realizzato in pietra serena, come gli altri altari del XIX secolo, piuttosto che nel legno originale - si segnala una pala del fiorentino Jacone, databile fra il 1528 e il 1530: l'opera ritrae la Madonna in trono e il Bambino con San Giovanni Evangelista, San Tommaso di Canterbury (patrono dell'Arte dei Calzolari, nda), San Rocco e San Giovanni Battista.
Una bella vetrata di Guillaume de Marcillat (1516) decora l'oculo della controfacciata. L'iconografia è basata sulla Madonna delle Grazie che raccoglie sotto il suo mantello numerosi fedeli, fra i quali possono forse essere identificati papa Leone X, l'imperatore Massimiliano I e il vescovo di Cortona Francesco Soderini. Lo stemma che vi appare è quello della famiglia cortonese dei Ridolfini, che commissionò l'opera. Una pala più piccola, attribuita ad Alessandro Allori, si trova infine nella cappella a sinistra dell'altare maggiore. Si trova fra altri dipinti di soggetto mariano e rappresenta la Madonna e il Bambino con Sant'Elisabetta e San Giovannino.